Lasy Nadleśnictwa Cierpiszewo   położone są w III krainie przyrodniczo-leśnej Wielkopolsko-Pomorskiej, w dzielnicy 5 Kotliny Toruńsko-Płockiej i mezoregionie Kotliny Toruńsko-Płockiej.

Z czynników klimatycznych szczególnie istotnym jest suma opadów, ponieważ na przeważającej części nadleśnictwa lasy korzystają wyłącznie z wody opadowej. Jest ona stosunkowo niska – ok. 500 mm rocznie, a dane wieloletnie wskazują na jej dużą nierównomierność w poszczególnych latach. Nierównomierność dotyczy także długości okresu wegetacyjnego i terminów występowania przymrozków.

Następnym, najbardziej charakterystycznym elementem budowy terenu nadleśnictwa są pola wydmowe, będące częścią jednego z największych śródlądowych obszarów wydmowych w Polsce. Na terenie obrębu Zawiszyn jest to pole Solecko-Chrośnieńskie a obrębu Cierpiszewo pole Toruńsko-Aleksandrowsko-Gniewkowskie. Są to przede wszystkim wydmy paraboliczne otwarte ku zachodowi, spotyka się też wały podłużne lub skupienia wydm pagórkowatych.
Na obrzeżu pradoliny w obrębie Zawiszyn ponownie występuje płaski obszar piasków rzecznych tym razem najstarszych i najmniejszej miąższości.

Pokrywa glebowa nadleśnictwa jest jednorodna na dużych powierzchniach głównych kompleksów. Większe zróżnicowanie występuje jedynie fragmentami: wzdłuż Strugi Zielonej, krawędzi Wisły oraz na południu obrębu Zawiszyn. Prawie 90 % stanowią gleby rdzawe z dominującym podtypem gleb bielicowo-rdzawych.